アクネ菌は殺菌して全滅させるべき？

結論から言うと「アクネ菌」を殺菌薬などで殺菌して全滅させたらお肌に悪影響がでて肌荒れを起こしてしまうので全滅させてはいけません。
実はニキビの原因菌として知られている「アクネ菌」も普段は肌を守る「バリア機能」の役割を担ってくれています。

肌にはたくさんの微生物が生息している

肌は、無数の微生物が生息していることから、「色んな微生物が生息している人体で一番大きな臓器」と呼ばれています。
肌にいる微生物の多くはヒトにはない機能を持っていて、肌をニキビのない状態に保つ上では欠かせない存在となっています。
肌に生息する善玉菌は普段は、病原菌から肌を守る皮膚の炎症を抑えるといった働きをしてくれていますが、菌バランスが崩れてしまうと、普段悪さをしない菌が皮膚のトラブルを引き起こすことになってしまいます。

アクネ菌（アクネ桿菌）

※アクネ菌が分泌する皮脂分解酵素リパーゼによって毛穴の皮脂が分解され、「遊離脂肪酸」が作られます。

アクネ菌以外の代表的な常在菌

黄色ブドウ球菌

表皮ブドウ球菌

まとめ

アクネ菌はニキビを引き起こす菌として嫌われることが多く、殺菌して全滅させるべきだと思われることも多いです。
しかし、肌の菌バランスが取れた状態であればアクネ菌は皮脂を材料にして、肌を弱酸性に保つ物質を作り、普段は善玉菌として働いています。
そのため、アクネ菌を殺菌して全滅させてしまうと肌の菌バランスが崩れ、肌荒れが引き起こされてしまいます。
あらゆる菌を全て殺菌しようとするのではなく、増えすぎたアクネ菌、黄色ブドウ球菌などを減らすことで、表皮ブドウ球菌をはじめとする善玉菌がいきいきと働ける環境を作ることが大事です。
スキンケアや普段の生活習慣などで菌バランスを整え、毛穴を詰まらせないようにすることが赤ニキビや吹き出物などの肌のトラブルを起こさないようにするのが重要です。

参考文献：E. A. Grice, J. A. Segre (2011). The skin microbiome, Nature Reviews Microbiology vol. 9, pp 244–25.